شناسایی میکرو RNAهای جدید در کلزا (.Brassica napus L) و نقشی که در سرکوب ژنهای هدف بهعهده دارند | ||
| تنشهای محیطی در علوم زراعی | ||
| مقاله 2، دوره 14، شماره 3، پاییز 1400، صفحه 585-594 اصل مقاله (961.16 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22077/escs.2020.3099.1795 | ||
| نویسندگان | ||
| مراد چشمه نور* 1، 2؛ محمدرضا بی همتا3؛ علی اکبر شاه نجات بوشهری3؛ علیرضا عباسی4؛ بهرام علیزاده5 | ||
| 1محقق بخش تحقیقات دانههای روغنی مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی لرستان | ||
| 2دانشجوی سابق دکتری اصلاح نباتات گرایش ژنتیک مولکولی و مهندسی ژنتیک، دانشگاه تهران | ||
| 3استاد پردیس کشاورزی و منابع طبیعی کرج، دانشگاه تهران | ||
| 4دانشیار پردیس کشاورزی و منابع طبیعی کرج، دانشگاه تهران | ||
| 5دانشیار بخش تحقیقات دانههای روغنی، موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر، سازمان تحقیقات ،آموزش و ترویج کشاورزی،کرج، ایران | ||
| چکیده | ||
| میکرو RNAها گروهی از RNAهای کوچک غیررمزکننده پروتئین با طول تقریبا 18 تا 24 نوکلئوتید هستند که در تغییرات پس از رونویسی در یوکاریوتها نقش سرکوب کننده mRNA دارند. به عبارت دیگر میکرو RNA بیان ژن را یا از طریق تجزیه یا سرکوب ترجمه mRNA تنظیم می. میکرو RNAها بهطور مستقیم بر فرآیندهای مانند رشد و نمو، ریخت شناسی، زمان گلدهی، سوخت و ساز، متابولیسم اسیدهای چرب، گلیکولیز و پاسخ به تنشهای زنده و غیر زنده در گیاهان تاثیرگذار هستند. برای شناسایی میکرو RNAها روشهای مختلفی وجود دارد که استفاده از دادههای زیستی(بیوانفورماتیک) یکی ازکمهزینهترین و سادهترین روشها میباشد. توالیهای miRAN بالغ شناختهشده از شمار زیادی گونه جانوری، گیاهی از پایگاه داده miRBase دانلود شد. از توالیهای miRNA بهعنوان توالی شناختهشده برای یافتن miRNAهای حفاظتشده بر پایه جستجوی همسانی بین miRNAها با GSSهای گیاه کلزا استفاده شد. ابتدا توالیهای GSS در گیاه کلزا از بانک اطلاعاتی NCBI در برابر miRNAهای شناختهشده BLASTn شدند. برای شناسایی رونوشتها و ژنهای هدف از تشابه مکمل معکوس بین miRNA و رونوشت هدف استفاده شد. در نهایت پنج عدد miRNA بالغ جدید شناساییشد. ژنهای مانند LUC7L3 ,UEL1D ,WSD1 ,LBD41 ,HST,NST1 ,CIPK26 و CNOT11 که به چندین خانواده ژنی با عملکردهای بیولوژیکی مختلف تعلق داشتند، شناساییشد. در این تحقیق از سرورها و نرمافزارهای مانند Mfold، miRBase، psRNATarget و GC content استفاده شد. | ||
| کلیدواژهها | ||
| توالی GSS؛ روش دادههای زیستی؛ یوکاریوت؛ کلزا؛ mRNA هدف | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 1,351 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 856 |
||